O Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale, polo da Rede Corona-ômica.BR-MCTI, fez o sequenciamento genômico de 94 amostras de SARS-CoV-2. As amostras, coletadas entre o início de setembro e o final de outubro deste ano, são de pacientes provenientes de 17 municípios do Rio Grande do Sul. O trabalho foi realizado em parceria com a Universidade de Santa Cruz do Sul (Unisc), secretarias municipais da saúde e hospitais.
A maioria das amostras são de pacientes das cidades de Santa Cruz do Sul (20) e Novo Hamburgo (19), seguidas de Porto Alegre (14), Canoas (10), Garibaldi (9), Campo Bom (6), Estância Velha (5) e Alvorada (2). Também foram submetidas ao sequenciamento amostras de cada um destes municípios (uma em cada cidade): Bagé, Camaquã, Pelotas, Piratini, Putinga, São Sebastião do Caí, Tapes, Triunfo e Viamão.
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As amostras foram selecionadas para o sequenciamento de alto desempenho através da plataforma Illumina MiSeq. Inicialmente, os genomas sequenciados foram analisados por meio da plataforma on-line Pangolin e caracterizados como pertencentes majoritariamente à linhagem Delta e suas ramificações. Diversas sequências apresentam pequenas novas variações. “Tais resultados apontam para a repetida evolução do SARS-CoV-2 e remetem à necessidade de uma constante vigilância genômica. Também é notável a presença importante da variante AY.43, que tem sido foco de atenção por sua rápida expansão no Reino Unido”, afirma o virologista Fernando Spilki, professor da Feevale e coordenador da Rede Corona-ômica.BR-MCTI.
As frequências correspondentes às variantes de preocupação foram de 94,6% da Delta e 4,2% da Gama. No sequenciamento anterior, com amostras coletadas entre o final de julho e o início de setembro deste ano, a frequência da linhagem Gama era ainda expressiva (25%), enquanto a Delta representava 75% das sequências analisadas. “Esse acompanhamento permitiu observar que a Gama (P.1 e suas ramificações), variante predominante que gerou maior impacto no Brasil e no Rio Grande do Sul no primeiro semestre deste ano, foi praticamente substituída pela variante Delta no Estado”, comenta Spilki.